RLF (Revue Laitière Française) 27 avril 2012 à 14h18 | Par MARINE GELÉ

NOUVELLES TECHNOLOGIES - La génomique, un outil efficace au service de la sélection animale

La dernière décennie a vu le bouleversement de la sélection animale par la connaissance du génome et l’arrivée du génotypage à haut débit. Le Cniel a fait le point sur ces techniques à l’occasion d’une journée thématique. Objectif : fournir aux acteurs de la filière quelques clés pour une meilleure appropriation de ces outils et notamment de la génomique.

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Écran de visualisation d’une séquence d’ADN, sur l’ordinateur qui pilote le séquenceur. La génomique offre la possibilité de sélectionner sur de nouveaux caractères, ce qui implique une révision de l’index de synthèse (ISU, lire p.6), plus fréquente que par le passé.
Écran de visualisation d’une séquence d’ADN, sur l’ordinateur qui pilote le séquenceur. La génomique offre la possibilité de sélectionner sur de nouveaux caractères, ce qui implique une révision de l’index de synthèse (ISU, lire p.6), plus fréquente que par le passé. - © RLF

 

 

L’arrivée de la génomique change la donne dans la sélection animale. La France, pionnière, a mis sur le marché en 2009 ses premiers taureaux indexés par cette technique. En août 2010, elle faisait partie des huit premiers pays dont la méthode d’évaluation génomique est validée par Interbull. En trois ans, le nombre d’inséminations (IA) par des taureaux évalués en génomique dépasse le nombre d’IA par des taureaux confirmés par testage qui était la méthode d’évaluation appliquée jusqu’alors.

Cette avancée fulgurante n’est pas sans générer de fausses idées, amenant fréquemment l’amalgame entre génomique et manipulation génétique, ce qui nécessite une démystification. « La sélection des animaux n’est pas un processus nouveau. Les outils changent mais les finalités restent les mêmes », souligne Didier Boichard de l’Inra.

En sélection génomique, la valeur génétique d’un individu est estimée à partir de l’information de milliers de marqueurs génétiques appelés SNP (Single Nucleotide Polymorphism) répartis sur son génome et lus par une « puce ». Ainsi, un simple prélèvement biologique, une prise de sang par exemple, permet d’évaluer un animal de manière précise et précoce (dès sa naissance), sans qu’il soit nécessaire de connaître ses performances ou celles de ses apparentés. Grâce à l’affranchissement de la période de testage (évaluation du père par rapport aux performances de ses filles), l’intervalle de génération est fortement réduit : il passe de 5 à 2 ans. Le coût du génotypage, réduit par rapport au coût du testage, permet d’évaluer de très nombreux candidats parmi lesquels les meilleurs seront sélectionnés. L’intensité de sélection sur la voie mâle se trouve ainsi accrue. Des simulations permettent d’espérer un progrès génétique doublé par rapport à la sélection classique.

 

 

 

Puce à SNP 54K permettant de génotyper simultanément 24 individus à partir de 54000 marqueurs répartis sur l’ADN bovin qui en comporte 3 milliards.
Puce à SNP 54K permettant de génotyper simultanément 24 individus à partir de 54000 marqueurs répartis sur l’ADN bovin qui en comporte 3 milliards. - © RLF

LE PRIX DE L’INSÉMINATION NE CHANGE PAS


Si le coût de l’évaluation des reproducteurs diminue, ni le coût global du schéma de sélection, ni le prix à l’insémination ne devrait changer. En effet, les reproducteurs sélectionnés à élever sont plus nombreux. De plus, la génomique offre la possibilité de sélectionner sur de nouveaux caractères. Les plus fortes demandes, d’après une enquête menée par France Génétique Élevage, concernent la composition fine du lait et la robustesse des animaux. Cela demande un investissement important pour mettre au point et normaliser des méthodes de collecte de données zootechniques sur une population de référence. PhénoFinlait est le premier exemple de programme de recherche à grande échelle pour de nouveaux caractères.


« La génomique est un outil puissant qui, utilisé à bon escient et dans de bonnes conditions, peut améliorer efficacement les performances des animaux et des élevages. Il convient cependant de raisonner la sélection sur le long terme, et en même temps que les autres paramètres d’élevage, en particulier le sanitaire », met en garde Jean-Pierre Mourocq de Créavia.

« Les trois ans à venir vont être le virage à ne pas manquer. Avec le passage
d’une sélection basée sur la diffusion de quelques reproducteurs d’élite vers l’utilisation de nombreux jeunes taureaux vite renouvelés, il est primordial de conserver un système organisé afin d’éviter les dérives d’utilisation qui favoriseraient la consanguinité. Plus qu’une révolution technologique, la génomique doit donc aussi être un changement culturel », conclut Didier Boichard, directeur de recherche à l’Inra.

 

 

 

- © Institut de l’élevage, 2012

 

La vache de demain est plus robuste mais toujours aussi productive

 

Afin de sélectionner les taureaux sur une multitude de critères, les généticiens s’appuient sur l’ISU (index de synthèse ex-UPRa). Il s’agit d’une équation qui combine plusieurs caractères traduisant les orientations raciales définies par chaque organisme de sélection (OS). L’ISU est défini à partir d’une estimation de la valeur économique de chaque caractère. Celle-ci détermine le poids qui leur est accordé. Un caractère n’intervient dans l’ISU que s’il affecte réellement les coûts et/ou les recettes à l’animal. La dernière révision de l’ISU intégrant de nouveaux caractères, dont les cellules, date de 2001. Le progrès génétique observé sur ce caractère depuis cette date, démontre la pertinence de cet index dans la sélection animale.


En février 2012 a eu lieu une nouvelle révision de l’ISU motivée par la disponibilité de caractères non indexés en 2001 (ex: mammites cliniques) ainsi que par le déploiement de la sélection génomique. Il existait en outre un décalage entre l’ISU français et les index de sélection des autres pays qui, en 2010, accordaient moins de 50 % à la production en race Prim’Holstein. Puisque le progrès génétique attendu est doublé, le poids donné à la production a été diminué pour conserver le même rythme qu’auparavant, au profit des caractères fonctionnels.

L’évolution de plus en plus rapide du niveau génétique et l’arrivée de nouveaux caractères rendent pertinente une révision de l’ISU plus fréquente que par le passé, et l’implication dans les discussions d’un plus grand nombre d’acteurs.

 

 

 

Avec le soutien financier de : ANR, Apis-Gène (Cniel, Unceia dans le cadre d’Agenae), Casdar, FranceAgriMer, France Génétique Elevage, ministère de l’Agriculture et de la Pêche et UE.
Avec le soutien financier de : ANR, Apis-Gène (Cniel, Unceia dans le cadre d’Agenae), Casdar, FranceAgriMer, France Génétique Elevage, ministère de l’Agriculture et de la Pêche et UE. - © RLF

PHÉNOFINLAIT : PHÉNOTYPAGE FIN DU LAIT

 

En 2008, le Cniel, l’Inra, l’Institut de l’élevage, l’Unceia, Capgenes, Actilait, FCEL, le CNBL et Labogena se sont lancés dans un programme de recherche et développement d’ampleur nationale appelé « Phénotypage » et « Génotypage » dans les principales populations bovines, caprines et ovines pour une meilleure connaissance, caractérisation et maîtrise de la composition fine des laits ou plus communément PhénoFinlait. A partir de données collectées en élevages bovins, ovins et caprins laitiers, ce programme vise à mettre en relation la composition fine du lait en acides gras et protéines avec d’une part le génotype des animaux et d’autre part leurs conditions d’élevage et d’alimentation en particulier.

Avec 20000 femelles concernées et 1500 éleveurs mobilisés dans 26 départements, PhénoFinlait est le premier exemple de programme de phénotypage à grande échelle. Les résultats de ce programme sont très importants pour la filière, notamment en ce qui concerne laprédiction de la composition fine du lait et la constitution d’une population de référence pour l’indexation de ces caractères. Ce programme s’inscrit dans un contexte de concurrence importante au niveau international, et place la France parmi les leaders dans le domaine.

 

REGLEMENTATION

 

ADDITIFS ALIMENTAIRES

 

L’annexe II du règlement (CE) n° 1333/2008 sur les additifs autorisés d’emploi dans les denrées alimentaires vient de subir sa seconde modification avec la publication du règlement (UE) n° 232/2012 du 16 mars 2012. Cette modification vise à restreindre l’emploi de trois colorants azoïques dans les denrées alimentaires : le jaune de quinoléine (E 104), le Sunset yellow/jaune orange S (E 110) et le ponceau 4R, rouge cochenille A (E 124). Les dispositions
de ce règlement s’appliqueront à compter du 1er juin 2013, c’est-à-dire au moment de l’entrée en vigueur de l’annexe II du règlement (CE) n° 1333/2008.

Rappelons que conformément à l’article 24 du règlement (CE) n° 1333/2008,
l’utilisation dans les denrées alimentaires de ces trois colorants, ainsi que des E 122 (Carmoisine), E 129 (Rouge allura) et E 102 (Tartrazine) est assujettie à une mention d’étiquetage spécifique : « peut avoir des effets indésirables sur l’activité et l’attention chez les enfants ». NELLY DELFAUT (ATLA)

 

Allégations de santé génériques autorisées


Le Parlement européen confirme l’adoption de la liste

 

Mercredi 21 mars la commission ENVI du Parlement européen a validé le projet de texte fixant la liste des allégations de santé génériques autorisées.
Ce projet de la Commission avait été transmis au Parlement le 27 janvier 2012, suite au vote positif en CPCASA le 5 décembre 2011. Une résolution
parlementaire, introduite par l’eurodéputé britannique Chris Davies (ADLE) et par l’eurodéputée finlandaise Sirpa Pietikäinen (PPE), s’opposait à l’adoption de cette liste, soulignant différents problèmes : rigidité du processus d’évaluation, traitement égale des allégations 13,1 et 14 malgré ce qu’indique le règlement...

Néanmoins, le 21 mars, trentesept membres de la Commission ENVI se sont opposés à cette résolution, contre 22 en faveur. Le Parlement européen a donc validé l’adoption de la liste qui devrait ainsi être publiée prochainement au Journal officiel de l’Union européenne. Le règlement entrera en vigueur le vingtième jour suivant celui de sa publication au JOUE et il sera applicable six
mois après sa date d’entrée en vigueur. Il comporte en annexe la liste des 222 allégations qui seront inscrites dans la liste positive du registre de la Commission.

A noter qu’un certain nombre d’allégations sont encore en attente d’évaluation (notamment les allégations pour lesquelles aucune condition d’utilisation n’a pu être définie, comme celles sur le lactose). MÉLANIE BIGNOL - CNIEL/ATLA

 

http://ec.europa.eu/nuhclaims/?event=search&status_ref_id=4

 

 

 

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